Molto prima della visita papale del Santo Padre Papa Paolo VI nelle Filippine nel 1970, il Cardinale di Manila approvò il piano per dividere l'enorme popolazione della Parrocchia Santo Niño. A quel tempo vi erano solo tre sacerdoti che prestavano servizio a Sto. Niño e non potevano far fronte ai crescenti bisogni dei parrocchiani, in particolare dei poveri nelle baracche.

Attorno a Novembre il cardinale diede il via alla creazione di due nuove parrocchie lungo i territori antistanti il porto di Tondo: una a nord del porto chiamata "Our Lady of Peace and Good Voyage" affidata agli Augustiniani e l'altra all'estremità opposta del porto (Magsaysay Village). A Padre Bruno Piccolo e Padre Joseph Vancio furono affidate parti del territorio delle parrocchie di Don Bosco e Santo Niño: a questa nuova parrocchia fu dato il nome di "San Pablo Apostol" in memoria della visita di Paolo VI.

Era l'inizio del Gennaio 1971 e i confini della nuova parrocchia di San Pablo Apostol erano definiti. Si estendevano dall'area di Capulong Street fino a Vitas Tenement. Al momento i confini vanno da Herbosa Pritil fino Vitas Tenement.

Col passare degli anni vari gruppi di padri del PIME andavano e venivano a San Pablo Apostol. L'anno 1979 fu l'anno dell'evento in assoluto più memorabile per i parrocchiani di Nepo-Velasquez: grazie agli sforzi di Padre Gianluigi Colombo (responsabile di quei luoghi) e dei parrocchiani stessi, venne costruita la nuova cappella di San Pablo,.

Nel 1981 i padri del PIME lasciarono Tondo dopo quasi dieci anni di apostolato nella Parrocchia. Dopo di essi venne la Congregazione della "Society of St. Columbans": Padre Sean Connaughton fu assegnato a Magsaysay Village e Padre Patrick O'Herlihy alla chiesa di Nepo-Velasquez. I più grandi progetti di Padre Sean in Magsaysay Village furono il PABAHAY e la cooperativa. In Nepo-Velasquez, Padre Patrick fu in grado di costruire il Centro Parrocchiale in San Pablo Apostol finalizzato alle cure mediche e dentali gratuite per i poveri.

Nel luglio 1989, la "Society of St. Columbans" decise di lasciare Tondo per lasciare la missione ai Padri Canossiani: Padre Stefano Arnone e Padre Giovanni Gentilin arrivarono a Tondo. Da allora il programma più prestigioso mai iniziato è stato lo SCHOLARSHIP PROGRAM, che dà aiuto scolastico a studenti delle scuole elementari, medie, superiori e college.